滤光系统
酶标仪最简单的是用滤光方式来划分。一般来说，可以分为滤光片型和光栅型两大类。也有一些酶标仪里面同时装上了滤光片和光栅。但是滤片和光栅并不能同时完成同一个检测，本质上还只是把滤片和光栅放在了一起，并没有使两者糅合而产生新的技术突破。
光栅型滤光系统具有使用方便，可以进行光谱扫描，灵活性等优点。当然，滤光片系统也有其显著的优势，例如价格较为便宜，检测灵敏度高，带宽的可选择性，可以进行快速的滤光片切换，可配备有自动加样系统，在化学发光检测中光线的透过率高。
目前，滤光片系统应用更广，因为它可以让实验者完成更多的试验。
测定波长
一般酶标仪的测定波长在400～750nm或800nm之间，完全可以满足ELISA的显色测定。目前国内常见的ELISA试剂盒所使用的标记用酶均为辣根过氧化物酶(HRP)，底物通常为四甲基联苯胺(TMB)和邻苯二胺(OPD)，其在过氧化氢溶液的存在下，经HRP作用，分别氧化为2，2，—二氨基偶氮苯(DAB)和联苯醌。当pH值为5．0左右时，DAB在450nm波长处有最大吸收，当pH值降为L0时，最大吸收波长移至492nm，同时摩尔消光系数变大，显色加深，因而常用强酸如硫酸或盐酸终止反应。TMB的氧化产物联苯醌在波长450nm处有最大消光系数，如果HRP量少，H：O：和TMB过量时，则形成蓝色的阳离子根。降低pH，即可使蓝色的阳离子根转变为黄色的联苯醌，使用硫酸作为终止剂可使产物稳定90min。因此，450nm和492nm两个波长是目前ELISA测定最常用的。各种酶标仪都配有放置滤光片的可自动转换的部件，可以同时安装6～8片滤光片，所配备的滤光片均应包括上述两个波长，有的酶标仪以490nm滤光片替代492nm滤光片，影响不大。除了这两个基本滤光片外，考虑到双波长比色的需要，还应有620nm或630nm或650nm和405nm波长的滤光片，其他滤光片可根据自己的需要选择。有时，有的实验室希望用酶标仪作微量生化测定，故酶标仪生产厂家对其生产的酶标仪扩展了紫外检测功能，此时需要一个340nm波长滤光片。此时，酶标仪的测定波长范围就成为340—750nm或800nm。
酶标仪有单波长和双波长检测功能。有时使用者不知在什么情况下使用单或双波长检测。所谓的“单波长”就是使用一种对显色具最大吸收的波长即450nm或492nm进行比色测定；而“双波长”则除了用对显色具最大吸收的波长即450nm或492nm进行比色测定外，同时用对特异显色不敏感的波长如630nm进行测定，酶标仪最后打印出来的吸光度则为二者之差。630nm波长下得到的吸光度是非特异的，来自于板孔上诸如指纹、灰尘、脏物等所致的吸收。因此，在ELISA比色测定中，最好使用双波长，且不必设空白孔。
测定的吸光度范围
通常，酶标仪的吸光度测定范围在0～2.5之间即可以满足ELISA的测定要求。早期的酶标仪可测定的吸光度一般在0～2.5之间，但现在基本上都做了拓宽，可达到3.5以上，并且能保持很好的精密度与线性。因此，对于酶标仪的吸光度范围不必去刻意追求大的吸光度范围，主要要看在一定的吸光度范围内的线性和精密度如何。
光学系统
酶标仪的光学系统采用的是垂直光路多通道(通常为8或12通道，亦有单通道)检测，一般为硅光管或光导纤维，除测定通道外，有的酶标仪还有一个参比通道，每次测定可进行自我校准。酶标仪的光学系统功能如何，均可通过酶标仪测定的吸光度范围、线性度、精密度和准确度等体现出来。光学系统好的话，则上述指标也应较佳。测定的精密度与测定通道之间的均一性有直接关系。单通道可避免因通道不同所致的差异。
检测速度
酶标仪的检测速度是指其完成比色测定所需要的时间。检测速度快，有利于提高检测的精密度，即避免由于测定过程中，因测定时间不同所致的各微孔间吸光度间的差异。目前市场上常见的酶标仪检测速度都非常快，通常在数秒钟内。
震板功能
酶标仪的震板功能是指酶标仪在对ELISA板孔进行比色测定前对其进行振荡混匀，使板孔内颜色均一。目前市场上常见的酶标仪均有震板功能，所不同的是震板方式，有的可按上下、左右或旋转等方式及振荡幅度等任意调节；有的则较为固定。使用有震板功能的酶标仪，在进行ELISA测定显色反应完成加入终止剂后，可不必振荡混匀，直接放人酶标仪上测定即可。
温育功能
温育功能是指酶标仪本身能按要求自动精确地控制仪器内部的温度，使得ELISA测定中微孔板条的温育过程可在仪器内部完成，而无需再外配温箱。目前，只有少部分酶标仪具有此种功能，温育功能只是酶标仪的一个附加功能，是否具有并不能说明酶标仪档次的高低及仪器的优劣。作为实验室是否选择，则可根据自己实验室的条件及需要来决定。
软件功能
软件功能是指酶标仪所具有的对ELISA定性和定量测定及其他测定方式如酶标动力学、紫外和凝集等数据的统计分析并报告结果的功能。软件功能是中高档酶标仪的一个非常重要的功能。如果硬件方面区别不大，则软件就成为判定酶标仪优劣的惟一指标。对于用户来说，好的软件功能，对实际工作会有较大的帮助。ELISA定性测定，酶标仪如具有阳性判断值(cut-off)及其测定“灰区”(即指测定吸光度处于cut—off周围的一定区域，此区域内结果应为“可疑”)的统计计算功能，不但方便了实验室工作人员，而且在某些特定的情况下，有很高的实用价值。因此，如目的是定量测定，则在酶标仪的软件功能中，最好要有这种曲线回归方程计算分析功能。其他诸如连点、直线等回归计算，则可根据酶标仪的应用目的而定，如兼用于微量生化测定，则此类回归计算就很有必要。
此外，酶标仪兼做酶标动力学、凝集反应测定所需的软件是否应具备，当然也应根据使用目的而定。由于此类软件一般都较为昂贵，酶标仪常另外单独按需配备，如果不是实验室特殊需要，就不必强求这种软件功能。
语言界面
通常进口的中高档酶标仪人机对话多采用英文。这对于某些基层实验室可能会存在语言方面的困难，从而难以最大限度地发挥酶标仪的作用。为解决这方面的问题，已有一些酶标仪采用了中文界面。这样就大大方便了广大基层实验室技术人员的使用。
综上所述，尽管酶标仪的发展极为快速，种类繁多，功能也不断加强，但其最根本的功用是不变的，即比色测定。大凡比色测定，其基本要求就是在一定吸光度范围内要有好的测定准确性、线性和精密性。同样的吸光度范围，测定的准确性、线性和精密性越好则酶标仪亦越佳。
而且，由于用于酶标仪比色测定的为多孔(通常为96孔)微孔板条，为保证测定的孔间重复性，则测定速度也是一个较重要的性能指标。至于其他如震板、温育及有关的软件功能，则是选配功能，不影响酶标仪其他的使用性能。
