常用荧光探针：荧光素类探针、无机离子荧光探针、荧光量子点、分子信标等。荧光探针除应用于核酸和蛋白质的定量分析外，在核酸染色、DNA电泳、核酸分子杂交、定量PCR技术以及DNA测序上都有着广泛的应用。

检测荧光探针的方法主要有单点测定和电荷耦合装置(CCD)荧光成像(包括用于微区分析的激光共聚焦荧光显微镜成像)。由于光电倍增管点扫描时间较长，激光照射强度高，很难抓住荧光早期变化。而CCD荧光成像的面阵大，成像视野广，成像时间可以调节，因而检测效果比较好。

兰州大学化学化工学院房建国团队研发了一种新型快速特异性荧光探针——Fast-TRFS。有利特性使得能够开发高通量筛选试验以通过使用提取物作为酶的来源来发现硫氧还蛋白还原酶的抑制剂。

荧光探针是建立在光谱化学和光学波导与测量技术基础上，选择性的将分析对象的化学信息连续转变为分析仪器易测量的荧光信号的分子测量装置。荧光探针受到周围环境的影响，使其发生荧光发射发生变化，从而使人们获知周围环境的特征或者环境中存在的某种特定信息灵敏度高,选择性好,使用方便,成本低,不需预处理,不受外界电磁场影响,远距离发光.识别基团决定了探针分子的选择性和特异性，报告基团则决定了识别的灵敏度，而连接体部分则可起到分子识别枢纽的作用。