水质基准指水环境中的污染物或有害因素对人群健康和水生态系统不产生有害效应的最大剂量或水平，在水环境的治理与保护中有着重要的意义。水质基准是制定水环境监控标准的依据，所有的水质标准都需要在水质基准的基础上结合当地的社会、经济等因素，经过综合分析进行制定。
长期以来，我国的水质标准指标限值主要照搬欧美发达国家。但是不同地区的生态环境都有各自的特色，照搬的限值不符合本土的生态系统情况，就会导致水质标准的科学性和准确性等都出现问题，继而影响我国的环境治理和保护工作。
我国的水质基准研究起步很晚。淡水水生生物水质基准制定方法作为水质基准方法学体系组成部分之一，到2017年才有可行的技术指南。现行《淡水水生生物水质基准制定技术指南》(HJ831-2017)发布后，直接推动了多种淡水水生生物水质基准的制定，在国家水生态环境基准制定工作中发挥了重要作用。
随着我国环境治理工作的要求不断提高，生态环境基准工作也在快速发展。水质基准制定技术的提高以及实践应用中对基准制定技术认识的提高，使现行的《指南》有了很大的改进空间。为了更好地指导淡水水生生物水质基准的制定，对《指南》进行修订是必要的。
新的标准从这几方面进行了调整：
正文部分：
1.增加了“方案制定”“质量保证与质量评价”“不确定性分析”和“报告编制”4章；
2.“毒性数据收集和筛选”和“物种筛选”被整合为1章，列入本标准的“数据获取”；
3.删除“水质基准污染物质确定”和“基准的应用”；
4.将“水质基准的审核”移入“质量保证与质量评价”。
附录部分：
将原有的5个附录精简为3个附录：将现行标准附录A和附录D有关方法要求，拆分移至本标准正文的相关章节；将现行标准附录B和附录C梳理后，提炼为本标准附录A；基于实际工作需要增加了附录B；将现行标准附录E细化后作为本标准附录C。
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