质谱(又叫质谱法)是一种与光谱并列的谱学方法，通常意义上是指广泛应用于各个学科领域中通过制备、分离、检测气相离子来鉴定化合物的一种专门技术。质谱法在一次分析中可提供丰富的结构信息，将分离技术与质谱法相结合是分离科学方法中的一项突破性进展。在众多的分析测试方法中，质谱学方法被认为是一种同时具备高特异性和高灵敏度且得到了广泛应用的普适性方法。质谱仪器一般由样品导入系统、离子源、质量分析器、检测器、数据处理系统等部分组成。
质谱技术对微生物的精准鉴定和分析基于已建立的微生物胞膜蛋白质、脂多糖、核酸等的指纹数据库(质谱分析的基石:数据库是关键)。根据数据库的不同，微生物鉴定结果有所差异，如在布鲁克公司某些型号的质谱仪数据库以芽胞杆菌属和乳酸杆菌属的数据最多，沙门菌属仅有16个种，尚缺乏志贺菌、布鲁菌以及霍乱弧菌的相关数据及指纹图谱;Micromass公司的数据库内含有志贺菌的数据，但少见芽胞杆菌属的数据。近年来，欧美发达国家致力于完善商业化的鉴定数据库，如MayoClinicCustomMALDI-TOFMS数据库目前已经囊括1599个质谱词目，包括了商业数据库中未入库的微生物数据。
