为控制食品加工制造业的污染物排放，原环境保护部在 2006-2009 年度的国家环境保护标准计划中立项制修订《明胶、骨胶和皮胶工业污染物排放标准》（2006 年）、《食用油加工业污染物排放标准》（2006 年）、《水产品加工业污染物排放标准》（2006 年）、《乳制品工业污染物排放标准》（2007 年）、《酿造工业污染物排放标准－酱、酱油、醋》（2008 年）、《番茄制品工业水污染物排放标准》（2008 年）、《罐头食品加工业污染物排放标准》（2009 年）等七个与食品加工制造业相关的水污染物排放标准，编制单位依次为山东大学、中国环境科学研究院、青岛理工大学、中国食品发酵工业研究院、青岛科技大学、新疆维吾尔自治区环境监测总站、中国食品发酵工业研究院。但在标准编制过程中，发现这七项标准存在污染物控制项目和排放限值相近甚至相同、分行业控制的排放量偏小、标准适用范围切割不清等问题。
2015 年 4 月，原环境保护部科技司组织召开七个标准的制定工作专家研讨会，根据专家意见，提出将这七个标准整合为一个标准是必要可行的，即食品加工制造业水污染物排放标准，并由中国环境科学研究院负责牵头整合，具体工作由环境标准研究所承担，原标准承担单位作为协作单位共同开展工作。
2017 年，原环境保护部发布《关于开展 2017 年度国家环境保护标准项目实施工作的通知》（环办科技函〔2017〕413 号），其中《食品制造加工业水污染物排放标准》（项目编号：2017-4）由中国环境科学研究院作为承担单位，协作单位包括中国食品发酵工业研究院、山东大学、新疆维吾尔自治区环境监测总站、青岛理工大学、中国食品工业协会。
