党中央、国务院高度重视生态环境保护建设，提出环境管理基础制度改革，要求建立以排污许可证制度为核心的固定污染源环境管理制度，中央全面深化改革领导小组将该项工作确定为生态环境部重点改革任务之一。国务院办公厅印发《控制污染物排放许可制实施方案》（国办发﹝2016﹞81 号），明确了排污许可制度改革的顶层设计、总体思路，并要求 2020 年按行业分步实现对固定污染源的全覆盖。
2019 年 1 月，生态环境部委托生态环境部环境工程评估中心开展《排污许可证申请与核发技术规范水处理通用工序》（以下简称“本标准”）研究，要求 2020 年完成。生态环境部环境工程评估中心组织南京大学环境规划设计研究院、中国石油天然气股份有限公司规划总院、湖南省生态环境事务中心成立标准编制组。
