1.确定分离目的确定你的应用是否要求高分离度、短分析时间、高灵敏度、长柱寿命，低的操纵本钱等等。
2.评估分析物的化学性质评估分析物的化学性质..诸如化学结构、溶解性、稳定性等等。
3.选择合适的色谱柱了解色谱填料的物理和化学性质。
二、液相色谱柱选择的条件
A、填料基质
1.硅胶基质：纯度高本钱低，强度大，化学修饰轻易，但pH值范围有限。大多硅胶基质填料在pH2-8之间稳定，但经过特殊修饰的硅胶键合相可以稳定在pH1.5-10。
2.聚合物基质：应用pH值范围宽，温度稳定(高温可以达到80度以上)，机械强度小。
B、颗粒外形
大多现代HPLC填料都是球形颗粒，但有时是不规则的颗粒。球形颗粒提供较低的柱压、较高的柱效和稳定性以及较长的柱寿命在使用高粘度的活动相时；不规则颗粒有较大比表面积和相对低廉的价格。
C、颗粒粒径
粒径越小柱效越高、分离度越高，但同时会导致较高柱压降。选择1.5-3μm的填料以解决一些复杂样品,UPLC可以使用1.5μm的填料；另外10μm或更大粒径的填料用作半制备或制备柱。
D、含碳量
含碳量指的是硅胶表面键合相的比例，与比表面积和键合覆盖度等有关。高含碳量进步柱容量、分辨率及分析时间，用于要求高分离度的复杂样品；低含碳量分析时间短、展现不同的选择性，用于快速分析简单样品及需要高含水活动相条件的样品。一般C18的含碳量在7-19%不等。
E、孔径和比表面积
HPLC吸附介质是多孔的颗粒，尽大多数的反应表面于孔内。因此，分子必须进进孔内才能被吸附和分离。
孔径和比表面积是相辅相成的两个概念。孔径小比表面积大，反之亦然。比表面积大，增加样品与键合相之间的反应，增加保存,上样量和复杂成分的分离度；比表面积小，平衡时间快，适合梯度分析。
F、孔容和机械强度
孔容，又称“孔体积”。指单位颗粒的空隙体积大小。它能很好的反应填料的机械强度。孔体积大的填料相对孔体积小的填料机械强度要略弱。孔体积为1.5mL/g或更小的填料大多用于HPLC分离，而孔体积大于1.5mL/g的填料使用于尺寸排阻色谱和低压色谱。
G、封端封端
封端能够降低极性碱性化合物由于与裸露的硅醇基相互作用而产生的拖尾峰。不封端键合相相对封端键合相会产生不同的选择性，尤其是极性样品。
