1、柱断裂，易引起峰丢失，应切断断裂部分，重新安装；
2、毛细管柱被污染，会出现鬼峰和脱尾，应冲洗毛细管柱或将受污染的柱入口部分用专用毛细管切割刀切掉；
3、泄漏，会造成只有溶剂峰，柱不能从溶剂中分离出组分，应更换毛细管柱；
4、毛细管柱吸附样品，会出现假峰和前沿峰，应将柱进样端截去1～2 cm，重新安装。
5、毛细管柱的安装位置不对或寿命将尽，易造成平行性不好，应重新安装；
毛细管柱的日常维护：
1、毛细管柱的老化：
老化柱子时接上进样口端，断开检测器端，初温50 ℃，保持通载气30min，然后以3℃/min速率升到老化温度，保持12～24 h便可，老化温度比该柱子的使用温度低20 ℃左右，比正常温度高10～30 ℃。
2、毛细管柱的冲洗：
由检测器侧向柱入口侧注入数毫升的丙酮溶液或正己烷溶液，以除去柱内残留的难以挥发的成分。
3、维护毛细管柱时注意事项：
维护工作必须在每一部分的温度降到50℃以下时才可以开始；每次安装毛细管柱时更换新的垫片，且不宜拧得太紧；柱两头的玻璃棉一定要塞好，以防玻璃棉和填料被载气吹到检测器中。
如果按照上述方法精心保养并避免一些损伤，可使毛细管柱等主要耗材使用较长时间。在状态下保养，有利于结果的分析以及保持数据良好的重现性、准确度和精密度。同时，日常精心维护也可以降低分析成本。
