①色谱柱破损
石英毛细管柱的聚酰亚胺层，如有少许破损就很难再保护脆弱的石英毛细管。当柱箱连续地加热和冷却、柱箱风扇的震动和柱架等都会对毛细管造成应力，终在色谱柱有弱点处破裂。大内径柱更容易破裂，也就是说，在操作0.45～0.53mm内径柱时，要比0.18～0.32mm内径柱更要小心。
如果已经断裂的色谱柱，仍在高温下连续运行或是作多阶温度程序运行，很可能损坏色谱柱，因破裂的后半段暴露在高温的氧气中，这样会很快地破坏固定相；而断裂的前半段，由于有载气流过，氧的影响会小些。如断裂的色谱柱没有再加热或只暴露在高温或空气中很短时间，断裂的后半部分不会受到明显损坏，可考虑作为它用。
②热损伤
超过色谱柱温度上限，会造成色谱柱固定相和管表面加速损坏，色谱柱的过量流失会使活性组分拖尾，降低柱效。一般热损坏是一个很慢的过程，但有氧存在时，会大大加速热损坏。另外在有漏气情况下，色谱柱过热也会加速损坏或性损坏色谱柱。
③氧损伤
氧是毛细管柱的大敌，在接近室温下，不会对色谱柱有太大损害，柱温升高时会严重损坏色谱柱。对于极性固定相，即使温度和氧浓度很低时，也会发生严重损坏。虽然，短时间地暴露在空气中，如注射空气或更换隔垫不会有太大问题，但也应避免。
在气路上有漏气的地方(如气路、接头和进样器)，往往是进入氧气的源头，当色谱柱加热时，就会很快地损坏固定相，会过早地引起固定液的过度流失，至使活性化合物有拖尾，降低柱效。在不太严重的情况下，色谱柱还会有一定的分离功能，但柱效已经下降。在严重的情况下，色谱柱就会完全失效。
④化学损伤
有少数化合物会使固定相遭到破坏。不挥发性化合物，进入色谱柱常常会降低色谱柱的性能，但是不会破坏固定相，有条件时这些沉积的残留物可以用溶剂冲洗而除去，能恢复色谱柱的性能。
要避免进入色谱柱的主要化合物是无机和矿物碱和酸，这些矿物碱和酸不会挥发，通常积累在色谱柱的前端，如果使其停留在那里就会破坏固定相，使色谱柱过早的大量流失，使活性化合物拖尾，以及使柱效下降，其征兆和热损坏及氧损坏类似。
由于化学损坏多发生在色谱柱的前端，所以可把色谱柱的前端切掉0.5～1m，在比较严重的情况下，可以截去5m或更长的一段。如果使用保护柱就会减小色谱柱被损害的长度，但是需要经常处理或更换保护柱。酸或碱还常常会破坏石英管内的去活表面，因而会引起活性化合物的峰形变坏。
⑤污染
气相色谱中，毛细管色谱柱被污染是很普遍的问题，不幸的是，它和各种各样常见的故障相似，常常被错误的判断为其它的故障，虽然被污染了的色谱柱并没有损坏，但已失去效能。通常有两种基本类型的污染物，不挥发性污染物和半挥发性污染物。不挥发性污染残留物不能从色谱柱里洗脱出来，而是累计在色谱柱里，这样它就成为涂渍了残留物的色谱柱，因而影响溶质的分配。而且残留物还会和活性化合物相互作用，甚至造成峰的拖尾，减少峰面积。
活性溶质是指那些含有羟基或氨基(一些硫醇基)及醛的物质；半挥发性污染物会洗脱出去，但需要几个小时或几天时间，半挥发性污染物和不挥发性残留物一样，他们也会引起峰形变坏和峰面积减小。此外，还常常引起基线不稳定(漂移、噪音增加)或出鬼峰等。
污染物的来源有许多，其中进样是主要的来源。生物液体和组织、土壤、废水、地下水和类似的含有大量半挥发的和不挥发物质的基体，甚至使用净化方法，样品也会含有少许这些物质并带到注射样品中，几次到几百次进样就会造成残留物的积累故障。柱上进样、不分流进样和大口径柱直接进样等进样方法常常会造成上述色谱柱的严重污染。
污染物还会来源于气体管路、净化器、密封垫、隔垫的碎屑或其他与样品可能接触的物质，如样品瓶、溶剂、注射器、移液管等，这些类型的污染物可能会突然性的引起故障。
