系统一般由输液泵、进样器、色谱柱、检测器、数据记录及处理装置等组成。
其中输液泵、色谱柱、检测器是关键部位。有的仪器还有梯度洗脱装置、在线脱气机、自动进样器、与柱或保护住、柱温控制器等，现代HPLC仪还有微机控制系统，进行自动化仪器控制和数据处理。
实验前的准备工作
1.过滤流动相。为了保证流动相洁净，流动相使用前都必须微膜过滤。
2.流动相脱气。为了避免流动相中气泡对仪器（气泡可能会对仪器及相关设备的正常使用及寿命产生一定影响）及分析结果的影响。
3.运行液相泵前尽量先清洗泵柱塞部件。清洗液一般采用10%甲醇溶液，也有采用10%异丙醇溶液
（5%甲醇或异丙醇等有机相溶液能避免微生物污染，但浓度不能太高，高于20%缓冲液可能会导致盐结晶析出，碰到酸碱类物质可能会有比较强烈的反应；另外异丙醇粘度较大，清洗能力较强；也有采用纯水清洗的，这样如果仪器每天使用还行，如果长期不用，为了防止微生物繁殖，纯水还得用含有有机相的清洗液置换出去）
冲洗，这是为了保护泵柱塞和密封圈等部件在泵运行时不被结晶盐等磨损而导致泵头漏液。
4.每天运行仪器前先排气。一般的液相色谱仪都有排气功能，没有的可以不接色谱柱开机运行几分钟排气。
5.泵运行时尽量不采用大流量模式（主要是换流动相或排气泡等，流量尽量设为3.0ml/min以内，这样更有利于保护泵柱塞杆和密封圈等部件的寿命）。
6.分析前先对色谱系统（整个流路）进行冲洗及平衡，尤其是色谱柱。先用纯甲醇冲洗30分钟，再换10%甲醇水溶液冲洗30分钟，换含缓冲盐或酸碱类物质的流动相平衡30分钟。色谱柱如果长期没用，每一步冲洗、平衡量尽量为色谱柱柱容量20倍以上）。
如果流动相中不含缓冲盐或酸碱类物质，纯甲醇冲洗完可直接换为流动相。使用色谱柱前知道或怀疑色谱柱中残留有或酸碱盐类物质，在用纯甲醇冲洗前增加一步10%甲醇水溶液冲洗。
7.如果色谱柱需要控温（升温），要先运行泵后再设柱温箱温度。
8.待仪器运行稳定后（基线基本走平后，这个是经验值），方可进样。
样品前处理
1.样品浓度不要太大，杂质不要太多，否则色谱柱处理起来压力很大。
2.进样前样品一定得先经微膜（一般采用0.22um或0.45um微膜）过滤。
实验过程中注意事项
1.为了避免进样器残留影响，进样前先对进样器进行清洗（这个不是必须的，但尽量是每进一针样品或标准品前都清洗进样器和进样针，当然同一样品也可以不洗，不同样品尽量洗），清洗顺序为纯水、甲醇、流动相。
2.每进一针样品后要对系统进行一次冲洗、平衡后再进下一针样品（等度要求不高，梯度要求相对高，主要是冲洗色谱柱中残留的强保留物质）。
实验完毕的后续工作
1.做完样要先清洗进样器，清洗顺序为纯水、甲醇。
2.关闭柱温箱温度设置。
3.冲洗色谱系统及色谱柱。先用10%甲醇水溶液冲洗30分钟后换为纯甲醇冲洗30分钟，待基线基本走平停泵。如果流动相中不含缓冲盐或酸碱类物质，冲洗时流动相可直接换为纯甲醇。色谱柱用完后如果长时间内不会再用，纯甲醇冲洗量要大于色谱柱柱容量20倍以上的，冲洗后卸下，两端密封保存。
4.待色谱柱温度降至接近于室温时再停泵、关机（这一点需特别注意，目的是防止温度过高损坏色谱柱）。
5.关机前用清洗液清洗柱塞杆。
