仪器内部计算机设有三个常用校准程序：频率校准、幅度校准和预选器（YTF）校准。
　　一、频率校准
　　1、当频谱仪经过振动、运输、长时间放置或大的环境温度变化时，频谱仪频率调谐会发生变化，带来频率测量误差，严重时会出现测量信号左右晃动的现象，通过频率校准可以排除该现象。校准的过程主要是以300MHz信号为参考信号，对频谱仪的扫描时间、中心频率、跨度（扫宽）、YIG主线圈延迟、副线圈灵敏度、扫频灵敏度进行误差校准，使频谱仪频率调谐范围正常。
　　2、校准方法是：用频率／幅度校准电缆，将校准信号（CALOUTPUT）接入频谱仪的信号输入端。按【CAL】〔CALFREQ〕，频谱仪进入频率校准程序。校准结束后，屏幕上出现“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕键将校准数据存储在仪器的E2PROM中。
　　二、幅度校准
　　1、与频率校准一样，当频谱仪测量幅度准确度发生变化时，通过幅度校准程序可以使仪器满足出厂指标，过程主要是以300MHz信号为参考信号，对频谱仪的整个通道幅度、分辨带宽滤波器、对数放大器、以及输入衰减器等幅度进行误差测量并校正。
　　3、校准方法是：用频率／幅度校准电缆，将校准信号（CALOUTPUT）接入频谱仪的信号输入端。按【CAL】〔CALAMP〕，频谱仪进入幅度校准程序。校准结束后，屏幕上出现“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕键将校准数据存储在仪器的E2PROM中。
　　三、预选器（YTF）校准
　　1、预选器的扫频和跟踪是频谱仪谐波波段的关键。该机设计上采用了和本振相互独立的驱动电路，对各波段分别校准和驱动。在频谱仪快扫、慢扫、跨波段扫时，对振荡器和预选器的磁滞、延迟进行补偿，大大地改善了YTF的跟踪特性。如果频谱仪在谐波波段上有5dB或更大的幅度误差，往往是仪器放置时间较长，环境温度变化较大所造成的。预选跟踪器不良会造成幅度测量误差，甚至测不到信号，此时应该进行YTF校准。
　　2、校准方法是：用YTF校准电缆，将100MHZ梳状波（COMB）信号接到频谱仪的RF输入端。按【CAL】〔CALYTF〕，频谱仪进入YTF校准程序。校准结束后，屏幕上出现“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕键将校准数据存储在仪器的E2PROM中。
　　3、如果在校准期间退出或校准不能完成出现错误信号，按〔CALFETCH〕取回校准数据。这时仪器将需要重新调整和修理。