对于杂质控制，针对原料药成品中的杂质分析及控制，原料药合成的起始原料及各中间体的杂质的控制原则：原料药合成的起始原料及各中间体的杂质要根据合成路线长短，杂质去除的难易程度确定。基本原则是最终原料药中该有关杂质能达到标准规格所确定的限度。如一个3步反应合成路线，起始原料中含有的杂质A，假设控制在低于0.8%，如果经过三步反应及相应的提纯步骤后，最终能达到原料药中远低于0.15%限度，则0.8%是合理的。
对原料药杂质研究中的强制降解实验对质量平衡的要求一般在95%-105%范围认为是合理的，其中采用HPLC法测定降解产物时，以主成分计算，一般降解10％左右。但是强制降解后常常产生没有紫外吸收的杂质，该有关物质条件就不能被检测出来，总峰面积会减少。物料就不平衡。这时，得试其它检测器（MS等）来检测该杂质。有时候经过大量努力仍然无法达到上述范围，需要根据实际情况作出合理的解释。
另外，常常用外标法测定含量。即取同一样品，一份不降解，直接外标法测定含量作为对照（比如：99%）。另外一份样品破坏后外标法测定含量（比如：85%），用破坏样品的含量比上未经破坏样品的含量(85%/99%*100=86%)得到降解的百分比。
同时可以计算在降解样品中降解产物的百分比（也常常用外标法来做，已知杂质考虑校正因子，未知杂质当“1”算），比如总降解产物为8%。那么质量平衡=86%+8%=94%。
在研究中可以参考强制降解实验条件，如在这些条件下仍然找不到降解产物，则可以认定该原料药具有相当的稳定性。没有必要继续加强条件进行降解实验。
