薄层色谱法又简写为TLC，常用于中药成方制剂中有效成分的定性鉴别。由于该方法鉴别专属性强，使用设备简单，易于操作，故应用广泛，在目前的药品质量标准定性鉴别中（如中国药典和国家食品药品监督管理局标准），已大大地超过了显微鉴别、理化鉴别和光谱鉴别。
一、医院制剂由于其自身的特殊性，如只能在本院销售，生产和检验设备简陋，生产量小，剂型和品种相对较多，生产中常以水煎煮为主。故在选择处方中的薄层定性药材时，应以选择水溶性成分为先。如芍药苷、栀子苷、黄芪甲苷、龙胆苦苷、人参皂苷等苷类或绿原酸、阿魏酸等易溶于水的有机酸类成分。
二、仔细分析处方。选择方中薄层定性的药材，应先选取以粉碎入药的药材。因为这部分药材中的有效成分一般没被破坏，特别是一些含有挥发性成分的药材，如薄荷、香附、荆芥等，在薄层层析中以药材作为对照品，很容易鉴别出来。
三、对处方中含有多糖类或淀粉质较多的药材，如麦冬、北沙参、党参等，可采取先酸解后用有机溶剂提取的方法。经这样处理后，薄层层析斑点一般都比较清晰，药检所复核时往往容易通过。
四、在使用展开剂时，在同等条件下，应选择无毒或毒性较小的有机溶剂。如选用环己烷而不选用正己烷，选用甲苯而不选用苯。以减少有机溶剂毒性对人体的侵害。
五、对样品的取样量不宜太大。如果取样量太大，点样时往往因样品的浓度太高而造成点样困难，展开时斑点又不易分离而使薄层图谱不清晰。
六、对中药复方制剂的液体剂型，提取分离方法应溶剂法，用适宜的有机溶剂提取。如是提取水溶性成分，应考虑对样品进行脱脂处理。对酒剂、酊剂或搽剂中含有的样品，应先在水浴上蒸去后再作下一步的处理。如液体剂型不宜用有机溶剂提取，也可采用先将药液置水浴上蒸干（或加入适量硅藻土分散），再用有机溶剂提取的方法。
七、对中药复方制剂的固体剂型，提取分离方法可选用超声提取法、回流提取法或溶剂提取法（应先将样品加定量水溶解）等。超声提取方法简单，所需时间短，目前使用较多，应，但在使用过程中应注意一个问题，如提取时使用的有机溶剂是，超声处理时间应控制在10～20min以内，超声时容器不能密闭太紧，以免瓶塞冲出或全部挥发，特别是在气温较高的夏天，尤其要注意。
八、对中药复方制剂的外用剂型，如软膏剂、黑膏药、贴膏一类，在样品处理时，应首先考虑去掉赋形剂后再对样品进行处理。如用凡士林制成的软膏，可用有机溶剂除去凡士林。
九、样品经薄层展开后，观察层析情况，笔者认为应多选择在日光下观察为主。原因为大多数医院制剂室未建立暗室，在紫外光灯下拍照有困难。
十、对样品中某些成分的提取分离，可先采取相类似的方法，然后再选用不同的定容溶液和展开剂，即可达到目的。如同时提取某些皂苷类、苷类、有机酸类等。
十一、在中药复方制剂中，往往药味较多，化学成分较为复杂，给单一成分的分离造成一定困难。为了达到分离的目的，在具体操作中，可以考虑使用高速离心，柱层析、氧化镁净化、水或氨试液洗涤等多种操作方法。但在使用这些方法时，必须注意不能把应提取的有效成分弃掉了。
十二、在用碘蒸气或氨蒸气对薄层板显时，所加的量不宜过多，使用的容器必须密闭，操作人不得离开，必须等到薄层斑点显度适宜时，才可取出。
