依托单位：华中农业大学、湖北省环境科学研究院
重点实验室建设任务：
面向我国土壤生态环境风险防控和修复治理的实际需求，开展我国土壤健康指标体系、土壤特征元素全生命周期的生态效应、退化土壤绿色修复技术、土壤健康管理与安全利用等研究，为我国土壤健康管理与安全利用提供科技支撑；并以重点实验室为学术交流与合作平台，培养创新型骨干人才和青年拔尖人才，构建我国土壤健康诊断与绿色修复的科学研究平台和人才培养基地。
建设期：2年
1、国家环境保护新型污染物环境健康影响评价重点实验室
依托单位：上海市环境科学研究院、上海市疾病预防控制中心、上海交通大学
重点实验室建设任务：
针对我国新型污染物环境与健康管理需要，开展我国新型污染物的检测与识别技术、生物毒性与生态风险、人体暴露特征与健康效应、削减与预警技术和健康风险干预策略等研究，为新型污染物环境健康风险管理提供科技支撑。并以重点实验室为学术交流与合作平台，培养创新型骨干人才和青年拔尖人才，构建我国新型污染物环境健康影响评价的研究平台和人才培养基地。
建设期：2年
2、国家环境保护海洋生态环境整治修复重点实验室
依托单位：国家海洋环境监测中心
重点实验室建设任务：
面向国家海洋生态文明建设，开展海洋资源开发生态环境响应与效应、海洋生态环境整治修复技术、海洋生态环境空间规划与环境经济政策制度研究，为提高海洋生态环境治理水平、推进海洋生态环境综合管理提供科技支撑。同时，以重点实验室为学术交流与合作平台，培养创新型骨干人才和青年拔尖人才，打造我国海洋生态环境保护与整治修复的研究平台和人才培养基地。
建设期：2年
3、国家环境保护危险废物鉴别与风险控制重点实验室
依托单位：中国环境科学研究院
重点实验室建设任务：
面向国家生态环境精细化管理需求，开展危险废物污染特性与鉴别检测技术、危险废物环境效应与风险评估技术、危险废物处置利用与风险控制技术研究，为提升我国危险废物的监管能力、处置能力和风险防范能力提供科技支撑。同时，以重点实验室为学术交流与合作平台，培养创新型骨干人才和青年拔尖人才，打造我国危险废物鉴别管理与风险控制的研究平台和人才培养基地。
建设期：2年
4、国家环境保护食品链污染防治重点实验室
依托单位：北京工商大学
重点实验室建设任务：
面向国家生态环境精细化管理需求，开展污染物在食品链中的赋存特征和迁移转化规律、食品生产与加工过程污染物的排放特征和环境风险、食品链污染控制和综合治理关键技术、食品链全过程污染防治策略与智能化管控平台研究，提高我国食品链污染控制和综合治理及智能化管理水平。同时，以重点实验室为学术交流与合作平台，培养创新型骨干人才和青年拔尖人才，打造我国食品链污染防治的研究平台和人才培养基地。
建设期：2年
另外，还有一个“国家环境保护放射性与环境风险控制工程技术中心”。
依托单位：生态环境部核与辐射安全中心
主要任务：
围绕我国放射性与环境风险控制领域技术研发和安全监管的战略需求，以防范化解核与辐射安全风险为目标，开展放射性废物处理处置、流出物监测、环境风险防控等方面的关键共性技术研发、验证和工程转化应用。借助国家核与辐射安全监管技术研发基地平台优势，整合本领域管理、技术、信息等资源，促进政产学研用一体化发展。承担放射性与环境风险控制相关政策、法规、标准、规范的制修订，提升安全监管能力，推动核与辐射安全管理体系的不断完善。
建设期：不超过3年
同时，在2019年10月进行验收的国家环境保护城市生态环境模拟与保护重点实验室正式公开结果——通过验收。
该实验室项目依托单位为生态环境部华南环境科学研究所，验收结果认为其完成了确定任务，“在摸索城市生态环境质量变化规律、揭示城市生态系统演变机理、探索城市生态调控途径和手段等方面取得了一系列科研成果”。
