高效毛细管电泳色谱仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度和分配系数的差异进行分离。由于毛细管内径小，表面积和体积的比值大，易于散热，因此，高效毛细管电泳色谱仪可减少焦耳热的产生，这是高效毛细管电泳色谱仪和传统电泳色谱仪的根本区别。与传统电泳色谱仪相比，高效毛细管电泳色谱仪具有以下特点：

　　一、分离效率高：

　　解决了因提高电压带来的焦耳热问题。

　　二、分离模式多：

　　由于电渗流和电泳流共同作用，故有多种分离模式。

　　三、检测下限低：

　　紫外检测器的检测下限可达10ˉ1～10ˉ15mol，激光诱导荧光检测器可达10ˉ19～10ˉ21mol。

　　四、样品用量少：

　　仅需纳升级（10ˉ9L）样品。

　　五、分析成本低：

　　毛细管本身成本低，溶剂消耗量少。

　　六、仪器简单：

　　只需一个高压电源、一根毛细管和一个检测器等。

　　七、应用范围广：

　　有机和无机小分子，多肽和蛋白质大分子，带电离子和中性分子都可进行分析。

　　八、环境友好：

　　分离介质多为水相，且产生废液量少，对环境影响小。