1、常规指标：水温、电导率、pH值、溶解氧、浊度、氧化还原电位、盐度、悬浮物等。
2、盐类及有机污染综合指标。高锰酸盐指数、化学需氧量、总有机碳、生化需氧量、总需氧量、UV、总磷、总氮、氨氮、硝酸盐氮、石油类、硫酸盐、氯化物、活性氯、氟化物等。
3、水质污染物。如金属离子、氰化物、酚等。
4、水质的生物指标。如大肠菌群、叶绿素等。
5、水文气象参数。如流量、水位、气温、湿度等。
水质监测站的运行是由专用的控制设备控制的。这个控制系统包括硬件、软件两部分，硬件部分的组成通常是PLC程序控制器或工业控制计算机及自动执行元件等；软件有可编程的组态王软件或机器语言编程的应用软件等，控制和数据采集系统完成的主要功能是系统运行过程控制，数据采集、处理及存储等。
水质自动监测站的信息传输方式有有线、无线、卫星通讯等。水质自动监测站仪器监测数据、报警信号、状态信号可自动上传至管理控制中心，管理控制中心也可通过拨号连接水质自动监测站控制器，调取水站数据，发送控制仪器运行的相关指令。
监测站房及配套设备，包括站房、供电设备、空调设备等。
