根据DNA扩增的目的和检测的标准，通常业界将PCR仪分为普通PCR仪、梯度PCR仪、原位PCR仪、实时荧光定量PCR仪等四类。
1.普通的PCR仪器：主要是做简单的，对目的基因退火温度的扩增，主要应用于科研研究，教学，医学临床，检验检疫等机构；
2.梯度PCR仪可一次性进行PCR扩增，主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，主要用于科研，教学机构；
3.原位PCR仪用于细胞内靶DNA的定位分析，不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值；
4.实时荧光定量PCR仪实在普通PCR仪的基础上，增加一个荧光信号采集系统和计算机分析处理系统，具有单通道、双通道和多通道之分，因一次只能检测一种目的基因的扩增量，需多次扩增才能检测完不同的目的基因片段的量，主要用于医学临床检测、生物医药研发、食品、科研院校等行业和机构。
